Tutte le cucurbitacee sono sensibili al marciume del fusto da Sclerotina. Questo fungo è in grado di infettare sia i fusti a livello del terreno che le foglie e i frutti epigei. Il primo segnale della malattia è rappresentato da un’escrescenza bianca e cotonosa sul tessuto infetto. Con il progredire della malattia, la pianta ingiallisce e può morire. Se si apre un fusto infetto, si può osservare un micelio bianco nel midollo, insieme a grossi sclerozi neri (6–12 mm). Una volta infettato, il frutto può essere colonizzato dal micelio bianco di Sclerotinia sclerotiorum e diventare rapidamente molle e acquoso.

Il fungo può sopravvivere per molti anni nel terreno sotto forma di sclerozi. Queste strutture di svernamento possono infettare le piante producendo micelio e formando apoteci, i quali rilasciano ascospore. La malattia si sviluppa in presenza di temperature da fresche a moderate e in condizioni umide. Periodi prolungati di bagnatura delle foglie (12–24 ore) sono ottimali per lo sviluppo della malattia. Il fungo conta oltre 500 specie di piante ospiti.

Attuare pratiche agricole corrette, come la rotazione di 3-5 anni con colture non ospiti (mais, grano e sorgo), la disinfezione e l’interramento in profondità dei residui vegetali per contribuire a ridurre questa malattia. Anche un’attenta gestione dell’irrigazione può minimizzare l’insorgenza della malattia. L’applicazione di un agente di controllo biologico (ad es., Coniothyrium minitans) nel terreno riduce le popolazioni di sclerozi vitali nei primi 2 cm superiori del terreno. L’applicazione di fungicidi si è rivelata utile per tenere sotto controllo il marciume delle radici da Sclerotinia. La fumigazione del terreno è solitamente un efficace metodo di controllo nelle serre.