Quando le temperature restano inferiori a 0 °C per lunghi periodi, i semenzai colpiti ingialliscono in corrispondenza o nei pressi della linea del terreno. In seguito al congelamento/scongelamento, i tessuti molli degenerano, assumendo un aspetto traslucido e una consistenza acquosa. Le scaglie danneggiate dal gelo diventano di colore giallo grigiastro. Spesso, singole scaglie sono completamente danneggiate, mentre scaglie interne o esterne adiacenti possono essere del tutto integre. Le sezioni più interne della cipolla possono essere risparmiate dai danni. Il bulbo può comunque essere non commerciabile.

Il congelamento delle cipolle diventa un problema con temperature inferiori a -2 °C. Quando il terreno gela e scongela ripetutamente, le piante possono essere sollevate alla superficie del terreno, dove muoiono per deterioramento radicale e disseccamento. I bulbi che si trovano nel terreno sono meno esposti ai danni da congelamento rispetto a quelli in superficie.

La capacità di tollerare le temperature negative varia fortemente tra i bulbi di cipolla. Le cipolle meno tolleranti al congelamento sono solitamente quelle con una minore componente solida, come i tipi Grano.