Il patogeno, veicolato dal terreno che attacca il cetriolo, benché anche il melone e la zucca da vino vi siano sensibili. Le giovani piante sono stentate e avvizzite. Le radici sono sottosviluppate e marce, con un aspetto annerito dovuto alla formazione di pseudosclerotia. La caduta delle foglie aumenta nelle piante infette, con apprezzabili cali di rendimento. I sintomi fogliari possono sembrare simili a quelli causati dai funghi responsabili dell’avvizzimento vascolare (ad esempio, Fusarium, Verticillium).

L’infezione è favorita dalle temperature inferiori a 20 °C. Tuttavia, con l’incremento delle temperature e/o del fabbisogno idrico, aumenta anche la progressione della malattia. Si ritiene che Phomopsis scerotioides sopravviva nel terreno tramite pseudostromi e pseudosclerozi. Il potenziale infettivo aumenta nei campi in cui sono state coltivate cucurbitacee anno dopo anno.

La rotazione delle colture non si è rilevata efficace come misura di controllo del marciume nero delle cucurbitacee, a causa della longevità degli pseudosclerozi nel terreno La fumigazione e/o la sterilizzazione a vapore del terreno possono contribuire a ridurre la popolazione fungina; il migliore controllo si ottiene però attraverso l’innesto su un portainnesti di zucca e/o il trasferimento della produzione fuori dal terreno, su un substrato artificiale.